Το 1479,  η Σαμοθράκη έγινε Οθωμανική κτήση. Τον Αύγουστο του 1821 τα τοπικά μυημένα μέλη στην Φιλική Εταιρεία, με την βοήθεια των Ψαριανών, έπεισαν τους συντοπίτες τους να τους ακολουθήσουν. Στις 19/4/21, οι κάτοικοι της Σαμοθράκης δήλωσαν στον Τούρκο διοικητή του νησιού ότι «του λοιπού είναι Έλληνες ελεύθεροι και κατά συνέπειαν, δεν έχουσι πλέον να πληρώσι φόρους εις τον Σουλτάνον». Ταυτόχρονα, φοβούμενοι την οργή των Τούρκων, συγκέντρωσαν τα λιγοστά όπλα του νησιού και άρχισαν να εξασκούνται στην χρήση τους με την βοήθεια ενός Σαμιώτη.

       Την 1/9/1821, ο Σουλτάνος έδωσε εντολή στον υποναύαρχο Καρά- Αλή να καταστείλει την εξέγερση στο νησί. Την «πρωτοσταυρινιά», όπως οι ντόπιοι αποκαλούν την 1η Σεπτεμβρίου, αποβιβάστηκαν στο νησί περισσότεροι από χίλιοι άνδρες στην περιοχή «Μακρυλιές». Η καταστροφή ήταν ολοκληρωτική. Ολόκληρα χωριά λεηλατήθηκαν και παραδόθηκαν στις φλόγες, Όσοι αντιστάθηκαν αποκεφαλίστηκαν.

       Επτακόσιους από τους κατοίκους που είχαν καταφύγει στα βουνά, οι Τούρκοι τους έφεραν πίσω με δόλο, δίνοντάς τους την εντύπωση ότι θα τους δώσουν χάρη. Όμως στην τοποθεσία «Εφκάς», στο κάστρο της πρωτεύουσας της χώρας, τους αποκεφάλισαν. Οι Τούρκοι άφηναν τα κεφάλια των Σαμοθρακιτών να κατρακυλούν στο αυλάκι. Το ρυάκι ονομάστηκε Εφκάς (Επτακοσίας) από τον αριθμό των σφαγιασθέντων.  Η βαρβαρότητα των Τούρκων έναντι του αμάχου πληθυσμού ήταν πρωτοφανής.  Χιλιάδες άνδρες και αγόρια σφαγιάσθηκαν. Από την σφαγή γλύτωσαν μόνο 33 οικογένειες. Τα γυναικόπαιδα πουλήθηκαν στα παζάρια της Κωνσταντινουπόλεως και της Σμύρνης. Τα σπίτια τους κάηκαν.

      Το Ολοκαύτωμα της Σαμοθράκης διήρκησε περίπου 6 εβδομάδες. Στις 12/11/1821, ο Καρά – Αλή  μπήκε στο νησί του Θρακικού πελάγους πανηγυρικά. Στους ιστούς των πλοίων του τουρκικού στόλου είχε κρεμάσει τα κεφάλια τριάντα συλληφθέντων Σαμοθρακιτών, ως ένδειξη νίκης και υπεροχής.                                                                                   Ο Louis Lacroix (1817-1881) ανέφερε: «Οι Τούρκοι κατερήμωσαν ασπλάχνως την νήσον ταύτην εν τω υπέρ της ανεξαρτησίας αγώνι . . . ».

       Στην μνήμη των χιλιάδων νεκρών, η 1η Σεπτεμβρίου τιμάται στο νησί ως ημέρα πένθους. Στην πλατεία του Εφκά γίνεται επιμνημόσυνη δέηση στο ηρώον, κατάθεση στεφάνων και απόδοση τιμών από τμήμα του στρατού μας. Την καταστροφή της Σαμοθράκης απεικόνισε ο Γάλλος Αύγουστος Βινσόν σε πίνακα με θέμα την «Σφαγή της Σαμοθράκης». Το ολοκαύτωμα της Σαμοθράκης παρέμεινε άγνωστο και η τυπική αναφορά στην θυσία των κατοίκων της στην εθνική παλιγγενεσία αναγνωρίσθηκε από την Ακαδημία Αθηνών μόλις το 1980.