Η κακοδιοίκηση και η καταπίεση της τουρκικής διοίκησης ανάγκασε την Παγκρήτια Συνέλευση, που συνήλθε στα Χανιά, να ζητήσει από τον Σουλτάνο, στις 14/5/1866, την ικανοποίηση μιας σειράς αιτημάτων. Μετά την απόρριψη των αιτημάτων τους, οι Κρητικοί, μη αναμένοντας βοήθεια από πουθενά επαναστάτησαν για μια ακόμη φορά στις 21/8/1866.  Θορυβηθείς  ο Σουλτάνος ανέθεσε στον διοικητή του τουρκικού στρατού Μουσταφά πασά να καταστείλει την εξέγερση. Ο τελευταίος, αφού προηγουμένως προέβη σε εκκαθαριστικές επιχειρήσεις στην περιοχή των Χανίων, στράφηκε εν συνεχεία προς την Μονή Αρκαδίου, έδρα της τοπικής επαναστατικής επιτροπής και επίκεντρο των αγώνων, λόγω της στρατηγικής της σημασίας. [Η Μονή βρίσκεται σε μικρό οροπέδιο, σε στρατηγική θέση της ΒΔ πλευράς του όρους Ίδη ή Ψηλορείτης και απέχει 23 χλμ. από το Ρέθυμνο].

       Οι Τούρκοι ζήτησαν από τον ηγούμενο της Μονής Γαβριήλ Μαρινάκη να διώξει την επαναστατική επιτροπή, ο ηγούμενος όμως αρνήθηκε.  Στις 24/9/66 πήγε στην Μονή ο συνταγματάρχης του Ε.Σ. Π. Κορωναίος με λίγους εθελοντές. Ο Κορωναίος έκρινε ότι η τοποθεσία δεν ήταν κατάλληλη για άμυνα, όμως ο ηγούμενος αρνήθηκε να εγκαταλείψει την Μονή. Ο Μουσταφά πασάς έφθασε στην Μονή το απόγευμα της 6ης Νοεμβρίου 1866, με 15.000 άνδρες (Τούρκους, Αλβανούς, Αιγυπτίους και Τουρκοκρητικούς) και 30 τηλεβόλα. Εντός της Μονής βρισκόταν 259 μαχητές και 705 γέροι και γυναικόπαιδα. Μαζί τους ήταν και η οπλαρχηγός-ηρωίδα Χαρίκλεια Δασκαλάκη (Δασκαλάκαινα), οι τρεις γυιοί της οποίας σκοτώθηκαν στην επανάσταση της ίδιας χρονιάς. Επικεφαλής των αγωνιστών της Μονής ήταν ο ηγούμενος Γαβριήλ Μαρινάκης και ο ανθυπολοχαγός Ιωάννης Δημακόπουλος. Ο ηγούμενος ήταν μια εξέχουσα προσωπικότητα, μια αστείρευτη πηγή πατριωτισμού και θάρρους, ενώ ο Δημακόπουλος ήταν εθελοντής από την Πελοπόννησο.

       Η πρόταση για παράδοση των πολιορκημένων απερρίφθη. Στις 8/11/66 άρχισαν οι εχθροπραξίες. Ο ηγούμενος είπε στους πολιορκημένους: «Παιδιά μου, αδέλφια μου, γλυκύτερος και δικαιότερος θάνατος δεν υπάρχει από το ν’ αποθάνει κανείς υπέρ Πίστεως και Πατρίδος . . . Ζήτω η Ελευθερία». Την πρώτη ημέρα οι αμυνόμενοι κράτησαν τις θέσεις τους παρά τις λυσσαλέες επιθέσεις των Τούρκων. Την επομένη, 9/11/66, οι Τούρκοι, ενισχυμένοι και με ένα μεγάλο πυροβόλο, που έφεραν το βράδυ από το Ρέθυμνο, πέτυχαν να γκρεμίσουν το δυτικό τείχος της Μονής και να εισέλθουν στο εσωτερικό της. Μάχες σώμα με σώμα εναντίον ενός εχθρού με πολλαπλάσια αριθμητική υπεροχή. Οι γυναίκες πολεμούσαν μαζί με τους άνδρες και ταυτόχρονα οι βάρβαροι έσφαζαν τα γυναικόπαιδα. Η Μονή είχε πλημυρίσει από Τούρκους. Ο Γαβριήλ σκοτώνεται μαχόμενος ηρωικά. Τότε ο Κωνσταντίνος Γιαμπουδάκης, από το χωριό Άδελε του Ρεθύμνου, φώναξε: «Όποιος θέλει την τιμή και την υπόληψή του να ‘ρθει να καεί μαζί μας». Πολλοί τον ακολούθησαν στην μπαρουταποθήκη. Ο κρότος της ανατίναξης λέγεται ότι ακούσθηκε μέχρι το Ηράκλειο. Αμέσως μετά οι Αλβανοί και οι Τουρκοκρητικοί, κατέσφαξαν όσους είχαν διασωθεί, πυρπόλησαν τον Ναό του Σωτήρος και λεηλάτησαν τα ιερά κειμήλια. Ο Δημακόπουλος συνέχισε με τους λίγους του συντρόφους να μάχεται στον περίβολο της Μονής. Τελικά αποφάσισε να παραδοθεί, αφού έλαβε εγγυήσεις για την ζωή των συντρόφων του. Όμως την επομένη οι βάρβαροι τους αποκεφάλισαν.

       Από τους 964 πολιορκημένους 3 ή 4 κατόρθωσαν να διαφύγουν και περίπου 100 αιχμαλωτίστηκαν. Από τους υπολοίπους, άλλοι σκοτώθηκαν πολεμώντας, ενώ οι γέροι και τα γυναικόπαιδα εσφάγησαν. Οι σφαγείς αποκεφάλισαν το πτώμα του Γαβριήλ και το κεφάλι το παρέδωσαν στον Μουσταφά πασά. Η UNESCO χαρακτήρισε το Αρκάδι «Ευρωπαϊκό Μνημείο Ελευθερίας».