Τα Ψαρά ήταν το κυριότερο εμπόδιο για την κυριαρχία του τουρκικού στόλου στο Αιγαίο. Τα Ψαρά ενοχλούσαν επίσης και τους Ευρωπαίους με τις νηοψίες τους στα εμπορικά πλοία. Γι’ αυτό στις 12/12/1823 οι Ευρωπαίοι πρόξενοι διαμαρτυρήθηκαν στους δημογέροντες των Ψαρών πως, αν δεν σταματούσαν τις νηοψίες στον κόλπο της Σμύρνης, «θα επισύρουν την εκδίκηση των ισχυροτέρων της Ευρώπης δυνάμεων», για να πάρουν την απάντηση ότι «ο πόλεμος ημών κατά των Οθωμανών ως εθνικός, πολύ διαφέρει από τους των Ρώσων και των Άγγλων».

       Την εντολή καταστροφής των Ψαρών έδωσε ο Μαχμούτ Β’ στον Χοσρέφ πασά, που τέθηκε επικεφαλής μιας τεράστιας ναυτικής δυνάμεως. Ας σημειωθεί ότι με την έναρξη της Επαναστάσεως τα Ψαρά είχαν 7.000 κατοίκους. Τώρα, όμως, είχαν υπερβεί τις 30.000, διότι εκεί είχαν καταφύγει πρόσφυγες από τις Κυδωνίες, τα Μοσχονήσια και από την Χίο. Επειδή οι περισσότεροι Ψαριανοί ταξίδευαν με τα πλοία τους, οι Ψαριανοί κάλεσαν επ’ αμοιβή 1.000 Θεσσαλομακεδόνες πολεμιστές.

       Στην σύσκεψη της Βουλής των Ψαριανών, ο Κανάρης πρότεινε η μάχη να δοθεί στην θάλασσα, χώρος μάχης οικείος για τους Ψαριανούς. Όμως, υπερίσχυσε η απαίτηση των προσφύγων και των Θεσσαλομακεδόνων  πολεμιστών να δοθεί η μάχη στην ξηρά. Οι Ψαριανοί, για να δείξουν ότι είναι αποφασισμένοι να δώσουν τον υπέρ όλων αγώνα, αφαίρεσαν τα πηδάλια από τα πλοία τους καθώς και τα κανόνια τους που τα χρησιμοποίησαν στην άμυνά τους. Η ενέργεια αυτή ήταν, όπως αποδείχθηκε αργότερα, μεγάλο λάθος. Οι Ψαριανοί οχύρωσαν την «Μαύρη Ράχη», το λεγόμενο «Παλαιόκαστρο», έναν βράχο που υπέρκειται της πόλεως, τοποθετώντας κανόνια στους περιβόλους των εκκλησιών της Αγίας Άννας και του Αγίου Ιωάννη. Σε μια στέρνα υπήρχε μια από τις μπαρουταποθήκες των Ψαρών. Κανόνια τοποθέτησαν σε όλη την παράκτια γραμμή. Όλη η άμυνα ήταν προσανατολισμένη προς την θάλασσα και όχι προς το εσωτερικό της νήσου. Το πιο αδύνατο σημείο της άμυνας ήταν ο μικρός όρμος «Ερινός» που καλύπτει τον βορεινό όρμο «Κάναλος». Λόγω της σχετικά απότομης πλαγιάς, η φύλαξη του ορμίσκου είχε ανατεθεί μόνο σε μερικούς Θεσσαλομακεδόνες.

       Χαράματα της 20ης Ιουνίου 1824 ο τουρκικός στόλος από το Σίγγρι της Λέσβου αναχώρησε για τα Ψαρά, κατευθυνόμενος στον όρμο Κάναλος. Τον στόλο αποτελούσαν περίπου 120 πολεμικά πλοία και 100 αποβατικά. Αρκετά  πολεμικά είχαν ευρωπαίους κυβερνήτες και χειριστές των κανονιών, προερχόμενοι από το γαλλοτουρκικό κομιτάτο της Σμύρνης. Τα μεταγωγικά μετέφεραν  περισσότερους από 15.000 Τουρκαλβανούς,  γενίτσαρους και ζεϊμπέκηδες της Ανατολής. Οι ελληνικές μάχιμες δυνάμεις ήταν 3.000 άντρες (1.300 ντόπιοι, 700 πάροικοι και 1.000 μισθωτοί).

       Την ίδια ημέρα άρχισε σφοδρός βομβαρδισμός των οχυρωμάτων του Κανάλου. Δύο φορές οι Τούρκοι επιχείρησαν να αποβιβαστούν, αλλά αποκρούστηκαν με σημαντικές απώλειες. Νέα προσπάθεια έγινε την 21η Ιουνίου, χωρίς όμως αποτέλεσμα. Τότε ο Χοσρέφ πασάς ενημερώθηκε για τον ανοχύρωτο Ερινό, όπου αποβιβάστηκαν ισχυρές δυνάμεις Τουρκαλβανών, με συνέπεια να κτυπήσουν τους υπερασπιστές του Κανάλου από τα νώτα. Οι μάχες ήταν σκληρές. Όσοι  επέζησαν πέτυχαν τελικά να κατέβουν στην ακτή και να διασωθούν από δύο γαλλικά πλοία. Μετά την κατάληψη του Κανάλου, αποβιβάστηκαν στο νησί 10.000 Τουρκαλβανοί. Ταυτόχρονα, μια ισχυρή δύναμη επιτέθηκε σε έναν παρακείμενο του Κανάλου ορμίσκο, της περιοχής «Φτελιό». Οι επιθέσεις τους ήταν συνεχείς,  αλλά η αντίσταση των λιγοστών και αποφασισμένων υπερασπιστών του ορμίσκου πρωτοφανής. Τελικά, οι τελευταίοι κατέφυγαν στον χώρο της μπαρουταποθήκης και αφού άφησαν τους Τουρκαλβανούς να εισέλθουν και να γεμίσουν τον χώρο, ανατινάχθηκαν, παίρνοντας μαζί τους στον θάνατο δεκάδες εισβολείς.

       Χωρίς πλέον αντίσταση ο τουρκικός στρατός κινήθηκε προς την χώρα που ήταν απροστάτευτη στα νώτα της. Στον άμαχο πληθυσμό επικράτησε πανικός. Τις εκκλησίες του Αγίου Νικολάου και της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος οι Τούρκοι τις πυρπόλησαν, καίγοντας ζωντανούς τους ηλικιωμένους  και ανήμπορους που είχαν καταφύγει σε αυτές.  Οι Τούρκοι έσφαζαν αδιακρίτως γυναίκες, παιδιά και άνδρες, που αναζητούσαν τρόπο διαφυγής με κάποιο πλωτό μέσο. Γυναίκες πνίγηκαν, πέφτοντας με τα μωρά τους στην θάλασσα. Μερικοί ναύτες σήκωσαν πανιά στα κατάφορτα πλοία, που στερούνταν όμως πηδαλίων. Η θάλασσα γέμισε πτώματα. Η καταστροφή θα ήταν ολοκληρωτική, αν την κρίσιμη στιγμή τα πυρπολικά των Ψαριανών δεν ανέκοπταν την πορεία του τουρκικού στόλου που εμφανίσθηκε από τα βόρεια. Όταν ο ναύτης Γιάννης Κουτέπας, στο μπρίκι του Δημ. Λενού που ήταν κατάφορτο από γυναικόπαιδα, είδε τους Τούρκους να εισέρχονται στο πλοίο έβαλε φωτιά στην μπαρουταποθήκη του πλοίου, τινάζοντάς το στον αέρα. Αφού οι Τούρκοι κατέλαβαν όλα τα εναπομείνοντα πλοία, άρχισαν τις σφαγές των αμάχων. Πολλά πτώματα μεταφέρθηκαν από τα κύματα μέχρι τις ακτές των Κυκλάδων.

       Το Παλαιόκαστρο, στο οποίο κατέφυγαν 700 γυναικόπαιδα, υπεράσπιζαν 95 Ψαριανοί και 55 Θεσσαλομακεδόνες. Την επίθεση των Τούρκων υποστήριζαν και τα κανόνια των τουρκικών πλοίων. Όλες οι επιθέσεις τους απέτυχαν. Την επομένη, οι επικεφαλής των Ψαριανών με τους αρχηγούς των Θεσσαλομακεδόνων, αποφάσισαν να βάλουν φωτιά στην πυριτιδαποθήκη του κάστρου, όταν οι Τούρκοι πλημμυρίσουν τον περίβολό του. Την ευθύνη ανέλαβε ο Αντώνης Βρατσάνος, γυιός του προέδρου της Βουλής των Ψαρών Δημητρίου Βρατσάνου. Την ανατίναξη μιας μικρότερης πυριτιδαποθήκης, ανέλαβε ο Χιώτης Γιάννης Σίδερος. Όταν ξημέρωσε η Κυριακή 22 Ιουνίου, οι Τούρκοι επιτέθηκαν με όλες τους τις δυνάμεις. Ο χώρος έξω από τον περίβολο γέμισε από πτώματα Τούρκων. Το μεσημέρι όμως κατόρθωσαν να εισέλθουν στον περίβολο, όπου ακολούθησε σφαγή των αμάχων. Οι γυναίκες ικέτευαν  τον Βρατσάνο να ανατινάξει το κάστρο. Εκείνος περίμενε να γεμίσει ο χώρος από Τούρκους.  Όταν όμως οι Τούρκοι κατέβασαν την σημαία από τον ιστό της, τότε έβαλε φωτιά. Έγραψε o Jurien de la Graviere (1812-1892) στην «Ιστορία του Αγώνα των Ελλήνων . . .»: «Το φρούριον, οι υπερασπίσαντες αυτό ήρωες, ο εισβαλών εις αυτό πολέμιος, τα πάντα ανατινάχθηκαν εις μύρια τεμάχια. Οι Ψαριανοί ετήρησαν τον λόγον των, ουδείς αυτών προέδωκε τον υπέρ πατρίδος αγώνα». Ο πλοίαρχος Bargemont  έγραψε σε έκθεσή του προς τον Σατωμπριάν (1768-1848): «Η κορυφή του βουνού φάνηκε όμοια με την κορυφή του Βεζουβίου σε ώρα έκρηξης. Το τράνταγμα έγινε αισθητό σε απόσταση μεγαλύτερη από 2 λεύγες. Είδαμε όσες γυναίκες είχαν απομείνει ζωντανές να ρίχνονται απ’ τους γκρεμούς του βουνού με τα παιδιά τους στην αγκαλιά πάνω στους βράχους ή στη θάλασσα και να πεθαίνουν για να γλυτώσουν την σκλαβιά». Όλο το βουνό έγινε μια μάζα λάβας, όταν ο Σίδερος ανατίναξε και την δεύτερη μπαρουταποθήκη. Το «Δασκαλιό», ένα  νησάκι δυτικά των Ψαρών, μια μικρή φρουρά από Ψαριανούς και Θεσσαλομακεδόνες το μετέτρεψε σε στρατώνα με μπαρουταποθήκη. Όταν κυκλώθηκαν από στεριά και θάλασσα ανατίναξαν την μπαρουταποθήκη.

       Έγραψε ο Γ. Κορδάτος στην «Ιστορία της Νεώτερης Ελλάδας»: «Σχεδόν όλοι οι άντρες, πολλά γυναικόπαιδα και οι Χιώτες πρόσφυγες σφάχτηκαν. Από τα πλοία μόνο 16 βρίκια και 7 πυρπολικά σώθηκαν, ο άλλος στόλος αιχμαλωτίστηκε.  Οι Τούρκοι έκοψαν χιλιάδες αυτιά και μύτες από τους Ψαριανούς και τα έστειλαν στην Πόλη, όπου έγιναν γιορτές και παράτες για την εξόντωση των απίστων. Υπολογίζουν ότι από τους 7.000 Ψαριανούς μόνο οι μισοί γλύτωσαν τα κεφάλια τους και από τους 20.000 πρόσφυγες παραπάνω από 15 χιλιάδες σφάχτηκαν».

       Το 1825 το ολοκαύτωμα της «Μαύρης Ράχης» το αποθανάτισε ο Σολωμός με το πασίγνωστο επίγραμμα «Η δόξα των Ψαρών»:                                                                                                                     «Στων Ψαρών την ολόμαυρη ράχη                                                                             περπατώντας η δόξα μονάχη,                                                                                          μελετά τα λαμπρά παλληκάρια                                                                                                       και στην κόμη στεφάνι φορεί,                                                                                            Γινόμενο από λίγα χορτάρια                                                                                                        που είχαν στην μείνει στην έρημη γη»

       Πολλοί Ψαριανοί κατέφυγαν στην Μονεμβασιά, ενώ μετά την λήξη του αγώνα το κράτος τούς παραχώρησε μια  έκταση στην Ερέτρια της Εύβοιας. που μετονομάστηκε σε «Νέα Ψαρά». Στις 21/10/1912 τα Ψαρά ενσωματώθηκαν στην Ελλάδα, όταν απελευθερώθηκαν από το αντιτορπιλικό «Ιέραξ» με πλοίαρχο τον Αντώνη Βρατσάνο, απόγονο του Αντώνη Βρατσάνου που είχε ανατινάξει το «Παλαιόκαστρο» 88 χρόνια νωρίτερα.